1950年3月，在北京召開了中等教育會議。會議集中討論了中等教育的方針和任務，普通中學的性質、任務、課程、教材和領導關系、公私關系，以及學生健康問題。

　　1950年6月，在北京召開了第一次全國中等技術教育會議。討論了中等技術教育的方針、學制、領導關系等問題。同月還召開了全國第一次高等教育會議。

　　1950年8月末9月初，在北京召開了第一次全國初等教育會議和第一次全國師范教育會議。討論了發(fā)展和建設初等教育和師范教育的方針、任務，改善小學教師的待遇，推行初等教育新學制的實施步驟等。

　　1950年9月，召開了第一次全國民族教育會議，馬敘倫為本次會議致開幕詞和閉幕詞。他指出：“少數民族的教育建設是新中國教育建設的重要部分，對于整個新中國的建設前途，有著重大的關系?！睍?，他建議各級政府設立民族教育行政機構，并認為“這是加強民族教育工作領導的關鍵問題”。會后，馬敘倫將此次會議的情況、問題，向政務院做了全面報告，并得到批準。1952年4月16日政務院發(fā)出了《關于建立民族教育行政機構的決定》。

　　新中國教育事業(yè)朝氣蓬勃地發(fā)展，沖擊著沿襲的舊制度、舊學制。在政務院領導下，馬敘倫主持和參加了新學制的研究和制定工作。他根據當時國家建設實際需要，研究、吸收了我國教育工作的經驗，特別是老解放區(qū)的教育經驗，提出了改革意見。1951年11月1日，政務院發(fā)布實施《關于改革學制的決定》，新學制改正了原有學制的缺點，密切配合國家各項建設事業(yè)的需要，對各級各類學校的地位、年限和互相銜接關系，做出了新的規(guī)定，鑄造了新中國人民教育的基本格局、框架。

　　馬敘倫在教育部長任上，還有兩件載入教育史并為后人一再稱道的功勛。其一是高度重視師生健康問題；其二是順利收回教育主權，肅清帝國主義文化侵略的影響。

　　馬敘倫了解到學生學習負擔過重、健康受到影響的情況后，在參加中國人民政治協(xié)商會議第一屆全國委員會第二次會議期間，他及時向毛主席作了匯報。毛主席旋即手書“健康第一”。1950年6月19日，馬敘倫又得到毛主席函示：“各學校注意健康第一，學習第二。營養(yǎng)不足，宜酌增經費。學習和開會時間宜大減，病人應有特別待遇。全國一切學校都應如此。”馬敘倫得到了毛主席手書后，即領導教育部積極貫徹，立即組織調查研究，提出具體措施。一面在國家財政許可的情況下，盡力提高教育經費和學生的人民助學金；一面擬定和采取了以下辦法：一、調整學生日常學習及生活的時間；二、減輕學生課業(yè)學習與社團活動的負擔。三、改進學校衛(wèi)生工作。四、注重體育、娛樂活動。五、改善學生伙食管理辦法。六、學校經費的支配，應適當地照顧保健工作的需要。在周總理的關懷下，還將這一問題提到了政務院第93次政務會議上。該會議討論通過了《關于改善各級學校學生健康狀況的決定》。

　　將外國教會學校和接受外國津貼的學校收歸國辦，奪回長期為帝國主義國家和宗教勢力所霸占的文化陣地，是一場維護國家教育主權的沒有硝煙的戰(zhàn)爭。斗爭是從中國政府接管輔仁大學開始的。1950年9月25日，馬敘倫代表教育部召見天主教羅馬教會駐輔仁大學代表芮哥尼談話，并發(fā)表書面談話，闡明了新中國的教育政策，并義正辭嚴地駁斥了其誣蔑中國干涉宗教自由的讕言，嚴正譴責教會進一步侵犯中國人民教育主權的行徑。10月12日，馬敘倫就我國政府接管輔仁大學一事招待記者，再次發(fā)表書面談話，明令收回自辦是單純的教育主權問題，與宗教信仰毫無關系。1951年1月教育部召開“處理接受外國津貼的高等學校會議”，馬敘倫到會講話，重申中華人民共和國不允許外國人在境內辦學的方針。會上確定了處理這類學校的原則、辦法和措施，首先集中力量解決那些接受美國津貼的學校的接收問題。會后有11所學校改為公辦；9所學校改為中國教育工作者完全自辦，仍維持自主，政府給以補助。

　　這是中國人民維護教育主權的重大勝利。馬敘倫自二十年代即提出收回教育主權的愿望，在人民取得政權后，終于夢想成真！他十分欣慰。在這場復雜而且政策性很強的斗爭中，馬敘倫準確地把握并堅決貫徹執(zhí)行了中共中央和政務院確定的方針政策，對取得斗爭勝利起到了重要作用。

　　此外，馬敘倫還領導教育部召開了社會教育、職業(yè)教育以及業(yè)余教育會議，舉辦了全國初等教育展覽會。

　　就這樣，馬敘倫主持的教育部，在黨中央和政務院的領導下，在舊教育可憐的爛攤子上，為了建立新中國“民族的、科學的、大眾的”文化教育，帶領全國師生，披荊斬棘，開拓前進。短短三年的時間，馬敘倫領導教育部，研究和討論了總的教育方針和各級各類教育的方針、政策、發(fā)展方向，分門別類地制訂了一系列的指示、規(guī)程、決定、條例、方案、辦法等法規(guī)性文件。通過一系列會議和工作，達到了統(tǒng)一思想，明確任務，群策群力貫徹黨的教育方針政策的目的，也使人民教育事業(yè)從它起步開始就方向明確，有章可循，從而保證了各級各類教育事業(yè)的健康發(fā)展。恰如馬敘倫在《三年來中國人民教育事業(yè)的成就》中所說，“從根本上改變了舊中國半殖民地、半封建的教育狀況，整個國家的教育機關和教育事業(yè)，已經是完全屬于人民，成為為人民服務的工具了”。人民教育事業(yè)的發(fā)展為我國大規(guī)模的經濟建設和文化建設高潮準備了重要的條件。

　　1952年12月，馬敘倫改任高等教育部部長，集中領導占有突出地位的培養(yǎng)高級建設人才的工作。

　　早在1950年6月，他就主持了第一次全國高等教育會議。在這次會議上確定了對舊的高等教育進行堅決改造、逐步實現的方針，包括對教育制度、領導體制、教育內容、教學組織和教學方法的改革。高教會議后，馬敘倫和教育部領導各高校在這些方面做了大量的具體工作。其中帶有全局性的是院系調整。遵循“以培養(yǎng)工業(yè)建設人才和師資為重點，發(fā)展專門學院，整頓和加強綜合性大學”的方針，到1952年年底，全國已有四分之三的高等學校進行了院系調整并開始有計劃地開展專業(yè)科系設置工作。1953年院系調整的重點仍是“著重改組舊的龐雜的大學，加強和增設工業(yè)高等學校，并適當地增設高等師范學校；對政法、財經各院采取適當集中?！闭{整工作的部署，“以中南地區(qū)為重點”，華北、華東三區(qū)主要進行專業(yè)調整。西南、西北兩區(qū)進行局部的院系或專業(yè)調整。又經過半年多的工作，院系調整基本完成。我國的許多省份都有一所綜合性大學并設有工、農、醫(yī)、師等專門學院；幾所大學已改造成為多學科的工業(yè)大學；在高等工科院校中，基本建成機械、電機、土木、化工等主要工科專業(yè)比較齊全的系，設置了294種專業(yè)，其中工科137種。由此開始改變了舊中國不能培養(yǎng)比較配套的工程技術人才的落后狀況。在當時歷史條件下，它不但從根本上改變了原來大學設置混亂、系科重疊、教學脫離實際的狀況，而且能按照國家建設的需要，有計劃地培養(yǎng)各項專門人才，為各方面建設事業(yè)服務。

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